Mit der Entscheidung, die beiden Hochbunker in der Burgstraße einer musealen Nutzung zuzuführen, werden die Gebäude einer inhaltlichen Verschiebung unterworfen, die es gilt, auch nach außen kenntlich zu machen. Der Entwurf beabsichtigt dies mit baulichen Maßnahmen, die als sinnliches Erlebnis ein prägnantes Zeichen der neuen inhaltlichen Ausrichtung bilden sollen. Dies geschieht zuvorderst durch das Hinzufügen eines weiteren Geschosses auf den bestehenden Dachflächen beider Gebäude. Als skulpturale Dachgebilde wirken sie weit in den Stadtraum hinein. Darüber hinaus werden Öffnungen in die Außenwände geschnitten, welche Einblicke in das Innere der Bunker gestatten und den Gebäuden ihre Wehrhaftigkeit nehmen. Sie wollen sich nach außen öffnen, damit Hemmschwellen abbauen und die Öffentlichkeit zur Teilhabe an ihren Inhalten einladen.

Zudem beabsichtigt der Entwurf, das neue Museum durch eine Aufwertung der angrenzenden Außenräume stärker in sein urbanes Umfeld einzubinden. So erfährt im Süden der von beiden Bunkern und dem benachbarten Wohn- und Geschäftshaus umschlossene kleine Platz entlang der Burgstraße eine neue Gestaltung, die ihn zu einem würdigen Entree des Museums transformieren soll. Im Norden wird die an der Lämmergasse beginnende Treppenanlage aktiviert. Sie mündet auf ihrem Wege zum Museumsvorplatz auf halber Höhe in einen neu geschaffenen Museumshof, der durch Ausstellungen und begleitende Veranstaltungen dem Museumsbetrieb helfen soll, in den öffentlichen Raum hineinzuwirken. Die Verteilung der verschiedenen Nutzungen folgt einem einfachen Prinzip. Sämtliche Ausstellungsbereiche befinden sich im nördlichen Gebäude, alle Sondernutzungen im westlichen. Betreten wird das Museum über letzteres. Um hier einen einladenden Eingang zu schaffen, wird der eingeschossige Vorbau entfernt und eine große Öffnung in die den Platz begrenzende Außenmauer geschnitten. Eine unterirdische Passage bildet die Verbindung der beiden Gebäude. Durch das Entfernen jeder zweiten Geschossdecke erhält der Ausstellungsbunker Räume von adäquater Höhe. Die drei Ausstellungsebenen sind über zwei neue Treppenhäuser an den Gebäudeenden miteinander verbunden, wodurch eine flexible Gestaltung der Museumsrundgänge möglich wird.